پیرو دستور مقام معظم رهبری در راستای تحول شورای عالی انقلاب فرهنگی و تهیه طرح آن و هم چنین فراخوان این شورا جهت مساعدت مراکز پژوهشی و نخبگان، مرکز پژوهشی مبنا طرح جامع تحول شورای عالی انقلاب فرهنگی را در دستور کار خود قرار داد. برای این منظور تیمی ده نفره از نخبگان و پژوهشگران برجسته مبنا شروع به فعالیت نمودند تا ان شاءالله با ایجاد تحول اساسی در این شورا، خواسته مقام معظم رهبری تحقق یابد. این تحول در ابعاد هنجاری، ساختاری، روشی و فرآیندی ، نیروی انسانی ، نظارت و ارزیابی و غیره خواهد بود. لازم به ذکر است این مهم به واسطه آسیب شناسی مجموعه سوابق مربوط به شورا، ترسیم  وضعیت مطلوب این شورا و الزامات آن در جهت نیل به تحول، مطرح خواهد شد. هرچند این مرکز تاکنون به برخی از اعضای شورا در برخی از ابعاد تهیه طرح به لحاظ علمی و پژوهشی ، کمک علمی کرده است ولیکن این طرح جامع، دربرگیرنده همه ابعاد برخواهد بود.